Od początku swego istnienia kościół Św. Anny w Kodniu pomyślany był jako miejsce wiecznego spoczynku książąt Sapiehów. Trumny ze zwłokami spoczywały w kryptach pod prezbiterium. Pochówków Sapiehów w tym miejscu było wiele. Pozostałych członków rodzin szlacheckich i duchowieństwa chowano w kryptach pod bocznymi kaplicami.
Na przestrzeni wieków świątynia kodeńska była wielokrotnie grabiona i niszczona przez Tatarów, Rosjan, Kozaków i Szwedów. Wszyscy ci najeźdźcy profanowali groby w poszukiwaniu ukrytych skarbów. Szczególnie ciężki był najazd w roku 1812. Rosjanie zbezcześcili szkielety Sapiehów, a kościelne podziemia całe skopali. Gdy zapanował pokój ks. infułat Paliszewski zajął się uporządkowaniem szczątków, te które zidentyfikowano pozostawiona w kryptach w nowych trumnach, pozostałe szczątki zostały pochowane na cmentarzu parafialnym.
Kolejny najazd rosyjski w 1863 po powstaniu styczniowym dokonał kolejnego dzieła zniszczenia krypt. To co pozostało ks. infułat Tytus Zegart uporządkował, z ogromnej ilości szczątków przetrwało tylko kilka trumien Sapiehów, trumna ks. Szymona Paliszewskiego i jeszcze kilka innych trudnych do zidentyfikowania.
Po przejęciu kościoła przez prawosławne duchowieństwo, hrabina Krasińska czyniła starania aby pozostałe szczątki Sapiehów przenieść do innych kościołów katolickich, nie dostała na to jednak pozwolenia. Mogła zabrać jedynie szczątki ks. infułata Szymona Paliszewskiego, które zostały złożone na cmentarzu parafialnym w Kodniu.
Po odzyskaniu kościoła przez katolików w 1917 roku były ważniejsze potrzeby w samym kościele niż zajmowanie się kryptami, które pozostawiono w „spokoju” aż do czasów nam współczesnych. Ojciec proboszcz Stanisław Wódz OMI postanowił udostępnić krypty do zwiedzania, łącząc krypty pod prezbiterium z tymi pod kaplicami i dobudowując wejście znajdujące się na zewnątrz bazyliki. W kryptach pod prezbiterium znajdują się odnowione trumny ze szczątkami, które pozostały w kryptach, w pozostałych kryptach i w przejściu umieszczone są figury przedstawiające osoby ważne dla historii sanktuarium i Kodnia.
