Erekcja parafii rzymskokatolickiej miała miejsce w 1518 roku. Budowę drewnianego kościoła parafialnego p.w św. Ducha obrządku łacińskiego rozpoczął Jan Sapieha w 1519 roku a dokończył ją jego syn Paweł. Kościół ten od 1628 r. pełnił funkcję kościoła szpitalnego. Drewniany kościół p.w św. Anny wzniósł w Kodniu, na rynku, Mikołaj I Sapieha przed 1595 r. Kościół ten spłonął w 1680 r. W latach 1629 – 1635 staraniem Mikołaja Sapiehy zw. Pobożnym zbudowano obecną bazylikę. Wskutek pożaru drewnianego kościoła św. Anny w 1680 r. poważnie ucierpiała bazylika – spalony dach i inne zniszczenia. Staraniem Kazimierza Sapiehy odnowiono bazylikę, którą poświęcono w 1686 r. oraz zbudowano kaplicę cmentarną p.w św. Wawrzyńca w latach 1683-1685. Niepowtarzalnego charakteru nadaje świątyni barokowa, parawanowa fasada, którą rozpoczął budować Kazimierz Sapieha a zakończył Jan Fryderyk Sapieha. Ten ostatni przyczynił sie do tego, że w 1709 r. powstała w Kodniu infułacja i dzięki jego staraniom w 1723 r. odbyła się koronacja papieskimi koronami.
Po powstaniu styczniowym w 1863 roku rząd carski skonfiskował dobra parafii kodeńskiej w 1865 r. Usunął pracujących tu kapłanów z wyjątkiem ks. infułata Tytusa Zegarka. Dziesięć lat później aresztowano go i osadzono w twierdzy brzeskiej, a potem wywieziono w głąb Rosji. Kościół św. Anny, św. Ducha i św. Wawrzyńca zostały z dniem 6 kwietnia 1875 r. przekazane na rzecz cerkwi prawosławnej. Tegoż roku prawosławni pozbawili świątynię św. Anny wyposażenia oraz zmieniony został kształt wież na świątyni na prawosławne kopuły. Warto zaznaczyć, że w 1869 r. Kodeń utracił prawa miejskie.
Zlikwidowano parafię w Kodniu, przyłączając ją do parafii w Huszczy. Obraz M.B. Kodeńskiej wywieziono do Częstochowy 3 VIII 1875 r.
W 1919 roku przywrócono parafię w Kodniu. Dekretem z 25 maja 1927 roku parafię przejęli Misjonarze Oblaci Maryi Niepokalanej. Do Kodnia cudowny obraz M.B. Kodeńskiej powrócił 3-4 IX 1927 r. dzięki staraniom ówczesnego ordynariusza diecezji siedleckiej ks. bpa Henryka Przeździeckiego. W 1928 r. MIsjonarze Oblaci Maryi Niepokalanej odszukali i sprowadzili dawny ołtarz M.B. wywieziony do Opinogóry. Lata II wojny światowej oszczędziły sanktuarium, mimo uszkodzeń murów i dachu świątyni. Po wojnie Misjonarze Oblaci odremontowali kościół.
Dzięki staraniom ks.bpa Jana Mazura i Misjonarzy Oblatów M.N. kościół kodeński p.w św. Anny otrzymał tytuł bazyliki mniejszej. Tytuł ten nadał papież Paweł VI kościołowi św. Anny w Kodniu 19 maja 1973 roku.
Ważniejsze wydarzenia okresu powojennego to m.in. to 150-lecie istnienia diecezji siedleckiej w 1969 r. z udziałem Episkopatu Polski. Mszę św. celebrował wówczas Metropolita Krakowski abp Karol Wojtyła a kazanie wygłosił Prymas Polski ks. Kardynał Stefan Wyszyński. Nastepne wydarzenie to 50-lecie powrotu cudownego obrazu M.B. Kodeńskiej do Kodnia w 1977 r. Uroczystościom przewodniczył Kardynał Karol Wojtyła, ktry nadał M.B. Kodenskiej tytuł – „Matka, która sprawia jedność”.
Kolejne wydarzenia to 350-lecie pobytu obrazu M.B. Kodeńskiej na Podlasiu w 1981 r. oraz 275-lecie koronacji obrazu w 1998 i 75-lecie objęcia parafii przez Misjonarzy Oblatów Maryi Niepokalanej i powrotu M.B. do Kodnia w 2002 r.